Askeri yargı kolunun kaldırılması ile birlikte asker kişilerin yargılanma eylemini genel mahkemeler yürütmektedir. Genel mahkemeler yargılamayı yine Askeri Ceza Kanunu doğrultusunda yürütecektir. Askeri Mahkemelerin kaldırılmasına karşın Askeri Ceza Kanunu yürürlüktedir ve asker kimseler bu kanun içerisinde yer alan ve suç olarak öngörülmüş eylemlerden yargılanabilir. Ancak asker kimselerin yargılanması adına soruşturma izni önkoşulu öngörülmüştür.
Asker kişilerin işledikleri askerî suçların soruşturulması izne tabidir. Ancak, ağır ceza mahkemesinin görevine giren suçüstü hâllerinde, soruşturma genel hükümlere göre yürütülür. Soruşturma izni, asgari tugay komutanı veya eşiti askerî kurum amiri (Deniz ve Hava Kuvvetleri Komutanlıklarında eşiti) olmak üzere, asker kişinin görev yaptığı birlik komutanı veya askerî kurum amiri, bu kişilerin yokluklarında ise vekilleri tarafından bizzat verilir. Genelkurmay Başkanlığı, Kuvvet Komutanlıkları ve Milli Savunma Üniversitesi hariç, Millî Savunma Bakanlığı merkez ve taşra teşkilatı ile bağlı ve ilgili kurum ve kuruluşlarda görev yapan asker kişiler hakkında soruşturma izni Millî Savunma Bakanı tarafından verilir. General ve amiraller hakkındaki soruşturma izni ise görev yeri dikkate alınarak ilgisine göre Genelkurmay Başkanının veya ilgili Kuvvet Komutanının teklifi üzerine ya da resen Millî Savunma Bakanı tarafından verilir. Soruşturma izni verilmesi ile ilgili kararlara karşı İtiraz, Askeri Ceza Kanunu ek-15 madde gereği; general ve amiraller için Danıştay Birinci Dairesine, diğer asker kişiler için ise yetkili merciin yargı çevresinde bulunduğu bölge idare mahkemesine yapılır. İtirazlar, öncelikle incelenir ve en geç üç ay içinde karara bağlanır. Verilen kararlar kesindir.
Askeri Ceza Kanunu 48/a gereği askeri suçlar şikayete bağlı değildir. Silah altında olan yükümlülerin yakınları tarafından ilgili savcılıklara yapılacak olası başvurular ihbar olarak değerlendirilmelidir. Uygulamada iş yükünün azalması adına bazı savcılar, söz konusu suçların şikayete bağlı olduğunu ve kişinin kendisinin başvurabileceği gerekçesiyle silah altında olup başvurma olanağı olmayan kimselerin yakınlarının başvurularına olumsuz yanıt verebilmektedir. Bu yönelim hukuka uygun değildir.
Asker kişilerin gerçekleştirdiği bir eylem, hem Askeri Ceza Kanunu içerisinde öngörülen bir suç tipine hem Türk Ceza Kanunu’nda yer alan görevi kötüye kullanma gibi başkaca bir suç tipine uygun düşüyorsa Askeri Ceza Kanunu hükümleri etkinlik kazanacaktır.
6413 sayılı Türk Silahlı Kuvvetleri Disiplin Kanunu, Türk Silahlı Kuvvetleri personelinin idari anlamda eylem ve işlerinde bağlı olduğu yasal düzenlemedir. Genel olarak tüm idari örgütlü yapılarda olduğu gibi TSK’de de personel ile ilgili olarak bir ceza kovuşturması ya da soruşturmasının yürütülmesi ayrıca bir disiplin soruşturması yürütülmesine engel değildir.
Anayasa 125 gereği; idarenin tüm eylemleri yargı denetimine bağlıdır. Ancak 129/3 gereği Türk Silahlı Kuvvetleri mensupları ile Hakim ve Savcılar ile ilgili hükümler saklıdır. Bu nedenle disiplin kanunu içerisinde yargı denetimi dışında tutulan birtakım idari kararlar öngörülmüştür.
Milli Savunma Bakanlığı’na bağlı birliklerin gerçekleştirmiş olduğu eylemler ile ilgili olarak olası uyuşmazlıklarda yargılama sürecini takip yetkisi yine Milli Savunma Bakanlığı’nda toplanmıştır. Uyuşmazlıklarda Milli Savunma Bakanlığı taraf olarak gösterilmelidir.